연구소의 목적과 역할은 크게 다섯 가지로 나누어 볼 수 있다. 첫째, 순수 민간단체 주도의 인도주의적 한반도 농생명분야 개발협력체계를 구축하고, 둘째, 위급한 북한의 식량문제 해결을 위해 지식 기반 농생명 특화협력을 도모해 한반도 평화분위기를 조성하며, 셋째, 한반도 농·축산 분야의 상호발전과 평화통일을 위한 협력 방안을 모색하고 실행하며, 넷째, 탈북민의 농축산 분야 정착을 위한 교육과 여건을 조성하고, 다섯째, 한반도 통일을 대비해 통일 비용을 줄이는 역할을 수행하는 것이다. 특히 ‘남북한축산진흥연구소’는 축산이라는 분야에 초점을 맞춘다는 점에서 차별성과 독자성을 가지며, 편향성을 가질 우려가 있는 정치적, 종교적 관점을 배제하고 경제적, 사회적, 윤리적인 관점에서만 사업에 접근하고자 한다. 또한 원활한 사업 수행을 위해서 비영리단체인 ‘굿 파머스’와 서울대 평창캠퍼스 국제농업대학원, 그린바이오 연구원 내 친환경경제동물연구소, 서울대학교 농업생명과학대학, 농협, 정부 기관 및 여러 협의회와 다양한 네트워킹을 형성해 사업을 추진할 계획을 가지고 있다.
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